Nie potrafił normalnie chodzić, miał bardzo sztywne kończyny, miał poważne problemy zdrowotne - bardzo silne napady epilepsji, w związku z czym na ceremoniach nierzadko tracił przytomność. Mimo widocznych braków intelektualnych ród Habsburgów postanowił uczynić go, jako pierworodnego syna cesarza, następcą tronu i tak też się stało.

Ojciec Ferdynanda był jednak świadom jego intelektualnej i fizycznej niemożności do realnego panowania, dlatego też postanowiono uczynić go cesarzem jedynie marionetkowym, gdy realną władzę sprawowała sekretnie niejawna rada złożona z książąt i szlachciców.

Ferdynad I się ożenił, jednak nigdy nie spłodził potomstwa. Nadworny, naczelny medyk uważał, że jest on niezdolny do erekcji ze względu na silne epizody epileptyczne. 

Po latach Ferdynand I Habsburg zrezygnował z tronu z powodu nacisków politycznych i swojej niezdolności do sprawnego rządzenia, na rzecz swojego bratanka Franciszka Józefa.

Nieszczęśnik był synem kuzynostwa, które dzieliło tych samych dziadków z obu stron, więc nazywano ich kuzynostwem podwójnym. Tak bliskie spokrewnienie w rodzie habsburskim było bardzo powszechnym zjawiskiem i  owocowało licznymi przypadkami potomstwa z poważnymi chorobami.

Po abdykacji resztę życia Ferdynand spędził na praskim zamku.